国土交通省は１２月１日、九州北部豪雨の被害を受けた国管理・県管理河川で「九州北部緊急治水対策プロジェクト」を実施すると発表した。再度災害の防止・軽減を目的に、２０２２年度までの事業費を１６７０億円と想定し、河川・砂防の改良復旧工事により治水機能を強化する。筑後川水系の赤谷川では、福岡県の要請に応じて権限代行制度を適用し、直轄で事業を実施する。
九州北部豪雨で被害を受けた福岡県、大分県内の約２００河川で、河川事業（河道掘削、築堤、護岸など）と砂防事業（砂防堰堤、遊砂池など）の連携して進め、治水機能を向上させる。洪水に特化した低コストの水位計（危機管理型水位計）の設置も推進する。
１７～２２年度の事業費は総額１６７０億円。このうち、被害が最も大きかった筑後川水系には１６２０億円を充て、直轄事業に２８５億円、県・市町村事業に１３３６億円を配分する。
大量の土砂・流木による被害が生じた筑後川水系の赤谷川、大山川、乙石川では、河川法に基づく権限代行制度を活用する。石井啓一国交相は１日、小川洋福岡県知事らと面会して権限代行を実施することを表明。今後５年間で事業費３３６億円を投じ、直轄で河道整備や流木などの貯留施設整備を進めるとしている。