国土交通省は、九州北部豪雨で流木被害が広がったことを受け、全国の砂防堰堤を流木の捕捉効果の高い透過構造とする方針を決めた。同省は２０１６年度に指針を改訂し、新設の砂防堰堤は原則として透過構造（透過型砂防堰堤、流木捕捉工など）にすると規定。九州北部豪雨での被害を踏まえ、既設の砂防堰堤でも流木捕捉工の設置などの改良工事を行う。
九州地方整備局の調査によると、九州北部豪雨では、筑後川右岸側の支川において、約21万立方㍍の流木が本出水で発生した。福岡県朝倉市では、斜面崩壊によって土砂・流木が流出したが、砂防堰堤が土砂・流木を細くし、被害の軽減に貢献したという。
国交省は、今後も、大規模な水害で大量の流木が発生する懸念があるとして、全国の砂防堰堤を透過構造とする方針を決めた。新設の砂防堰堤は、１６年４月に改訂した『砂防基本計画策定指針』で「透過構造を有する施設」を原則設置することを決めており、この対象を既設の砂防堰堤にも拡大する。
具体的には、既設の不透過型砂防堰堤のうち、大量の流木の流出が想定され、下流への被害拡大が懸念される流域では、流木捕捉工の設置などの改良工事を実施。既設堰堤を有効活用し、砂防堰堤による流木の捕捉効果を向上させる。
同省は、地方整備局にこうした方針を通知するとともに、都道府県にも透過構造への転換を図るよう要請した。